Bij elke vergunningaanvraag bekijkt de NIWO ook of de Wet Bevordering integriteitsbeoordelingen door het openbaar bestuur (Wet Bibob) moet worden toegepast. De NIWO kan op grond van de Wet Bibob een aanvraag afwijzen, een vergunning intrekken of aan voorschriften verbinden als een ernstig gevaar bestaat dat de vergunning voor criminele doeleinden wordt of zal worden gebruikt. De NIWO heeft de werkwijze vastgelegd in de Beleidsregel Bibob.